株式数比例配分方式とは、証券会社毎に保有している株数に応じて配当金を受け取る方法です。

以下のようなメリットがあります。
・配当金が証券会社に入金される
・特定口座で管理されている場合は源泉徴収対象となる。
・NISA預かりの場合は非課税になる。

株式数比例配分方式の概要

A社から1株あたり10円の配当金が支払われるケース

取引している証券会社が1社の場合
B証券に1000株保有している場合、B証券の口座に10000円の配当金が入金されます。
A社の株式をNISA預かりで保有している場合は、配当金の10000円はそのまま口座に入金されます。
特定預かり（源泉徴収口座）の場合、配当金の10000円から税金が源泉徴収され、残った8000円が入金されます。

複数の証券会社でA社の株式を保有している場合
B証券に1000株とC証券に2000株を保有している場合、
B証券の口座に10000円、C証券の口座に20000円の配当金が入金されます。

比例配分を行う際に端数が発生するケース

A社から1株当たり1.5円の配当金が支払われ、B証券に1株、C証券に3株を保有していた場合
B証券の口座に1円、C証券の口座に5円の配当金が支払われます。
配当金は以下のように計算され、分配されます。
配当金(1.5円)×保有株数(4株)＝配当金合計(6円)
6円の配当金を証券会社毎の持ち株比率により配分するのですが、
B証券(１)：C証券(3)で分配し、端数は多くの株式を保有しているC証券に配分されます。
従って、B証券1円(端数の0.5円は切り捨て)、C証券5円(4.5円＋B証券の端数0.5円)となるのです。
B証券、C証券に同数の株式を保有している場合は、どちらか片方の証券会社に配分されます（明確なルールはないようです）

株式数比例配分方式を利用するには

特別口座で保有する株式(単元未満株を含む)がある場合、当該方式を利用できません。
複数の証券会社に口座があり、その証券会社が株式数比例配分方式の取扱をしていない場合も、株式数比例配分方式は利用できません。